קיימות שלוש שיטות לתכנות כלי מכונת CNC: תכנות ידני, תכנות אוטומטי ומרכז עיבוד CAD/CAM.
תכנות ידני
ניתוח דפוסי חלק, עיבוד תהליכים, חישוב מספרי, כתיבת רשימת תוכניות עד להזנת תוכנית ובדיקה ידנית. הוא מתאים לעיבוד נקודתי או לחלקים עם גיאומטריה פחות מורכבת, אך הוא מאוד-גוזל זמן ונוטה לטעויות-בתכנות חלקים מורכבים.
תכנות אוטומטי
שימוש במחשב או במכונת תכנות להשלמת תהליך תכנות תוכנית חלקים נוח מאוד לחלקים מורכבים.
CAD/CAM
השתמש בתוכנת CAD/CAM כדי לממש את התכנות האוטומטי של דוגמנות ותמונה. התוכנה האופיינית ביותר היא Master CAM, שיכולה להשלים את התכנות של שתי-קואורדינטות, שלוש-קואורדינטות, ארבע-קואורדינטות וחמש-קואורדינטות כרסום, חריטה ו חיתוך תיל. למרות שלתוכנה מסוג זה יש פונקציה אחת, היא קלה ללמידה והמחיר שלה נמוך.